ในปีพ.ศ. 1836 – 2101 สมัยราชวงศ์มังราย วัดเชียงยืนเป็นพระอารามหลวงนามมงคลมีฐานะเป็นเดชเมืองเชียงใหม่ เพราะสร้างขึ้นในลักษณะการวางผังเมืองให้สอดคล้องกับชัยภูมิและความเชื่อทางโหราศาสตร์ ซึ่งมีวัดเชียงยืนเป็นวัดมงคลนาม ประดิษฐานมงคลศักดิ์สิทธิ์คือพระสัพพัญญูเจ้าเดชเมือง หมายถึง บารมีอำนาจยิ่งใหญ่ ซึ่งเจ้าพระยามหากษัตริย์ล้านนาในอดีตจะมาทำการสักการบูชาก่อนเข้าเมืองหรือ เมื่อมีพิธีราชาภิเษก หรือทั้งก่อน – หลังออกศึกสงคราม เพื่อให้เกิดสิริมงคล

วัดนี้เคยเป็นที่ประทับของปฐมสังฆราช (พระอภัยสารทะ) สังฆนายกองค์แรกของอาณาจักรล้านนา ส่วนจะสร้างขึ้นในสมัยกษัตริย์ล้านนารัชกาลราชวงศ์มังรายพระองค์ใดนั้นไม่มี ปรากฏหลักฐานชัด แต่ที่มีการสันนิษฐานกันจากหลักฐานที่ปรากฏไว้ว่า ในสมัยพญามังรายมหาราช พระองค์ได้สร้างวัดคู่เมืองเชียงใหม่เป็นแห่งแรก คือ วัดเชียงมั่น หมายถึง “มั่นคง” ต่อมาสร้างวัดเชียงยืน หมายถึง “ยั่งยืน” ด้วยจะมีพระราชประสงค์ที่ว่าวัดเชียงมั่นตั้งอยู่เขตพระนครด้านใน เมื่อประตูเมืองปิดอาณาประชาราษฎร์ของพระองค์ที่อยู่นอกกำแพงเมืองจะได้ อาศัยวัดเชียงยืน เพื่อประกอบพิธีกรรมทางศาสนา